På pulpituret (balkonen) i skibets vestgavl findes kirkens orgel.[foto © Næstved Museum & hanne & lars hansen, Næstved]
Det nuværende orgel er bygget af Marcussen og Søn i 1960 og er altså nu knap et halvt århundrede. Men en del af det, nemlig hovedværkets facade, der indrammer principal-piberne, blev til for 400 år siden. Facaden er udformet i tidlig renæssance med masker, ranker, hermer, frugtklaser o.a. Dog blev vinger og topstykker tilsat ved en senere udbedring. Facaden stammer fra den kongelige orgelbygger Hans Brebus' orgel fra 1583 ─ 86, og i kirken opbevares en enkelt pibe herfra.
Orglet er bygget op af fire dele: Hovedværk, rygpositiv, brystværk og pedal, som tilsammen indeholder 32 stemmer (piberækker). Orglet er således baseret på traditionen fra baroktidens glansperiode ─ som f.eks. den danske komponist Diderik Buxtehudes orgel i Lübeck. Øverst i midten ses hovedværket med orglets vigtige piberække ─ den bærende principalstemme.
Udbygget fra pulpituret findes rygpositivet, som skjuler organisten ved spillebordet. Rygpositivet har tre manualer (tre rækker klaviaturer) ─ et til hvert af orglets fire værker. Desuden pedalet ─ 30 store træ-tangenter, hvorpå der spilles med fødderne.
På siderne af hovedværket ses de to pedaltårne. Her findes de dybe stemmer, som udgør basfundamentet i orgelspillet. Pedalet har dog også høje, lyse stemmer, der kan anvendes i melodispil.
Det fjerde værk, brystværket, er anbragt nogenlunde i brysthøjde bag de fire låger ─ umiddelbart under hovedværket. På lågerne er malet teksten fra det gamle: TE DEUM (Oh, Gud vi love dig).
Et musikinstrument kan beskrives, som det er forsøgt her, men det skal naturligvis høres i levende musik. Sct. Peders Kirke danner den bedst mulige akustiske baggrund for, at orglet kan klinge smukt og afvekslende ─ som det nu har lydt i mere end 400 år her under de gamle hvælvinger og under de gamle mestres motto: <SOLI DEO LORIA> (Gud alene æren).
[Ovenstående text er med få modifikationer identisk med en text af kirkens tidl. organist Svend Aage Spange, pensioneret 1990]