Ved restaureringen af kirken i 1880'erne omflyttedes og ordnedes de gravsten, som lå i gulvet, og de fleste rejstes langs væggene. Af de omkring 70 helt eller delvis bevarede skal fire karakteristiske omtales her.
Romansk granitsten med skråt afhuggede kanter. Dens eneste udsmykning er et ophøjet kors med skrånende arme. Stenen blev 1883 overflyttet fra Hans Hornemanns Gård ved Axeltorv (bygget 1668) og er nu rejst i nordre sideskib.
Gotisk figursten af gotlandsk kalksten. I hjørnerne er der cirkler og krydsede kvadrater med kranium, knogler og slanger (dødssymboler). Øverst ser man grene og et slynget bånd med vers om døden, herunder er afbildet munk og præst med bomærkeskjolde. Indskriften langs randen fortæller, at stenen er rejst over to fremtrædende dominikanermunke og en præst. Dødsårstallene 1497 og 1522 gælder munkene. Stenen, som efter reformationen blev genanvendt til et ægtepar, er udført på det såkaldte "Initialværksted", Sjælland. Den er formentlig overført til kirken fra Sortebrødreklostret og blev i 1880'erne rejst i nordre sideskib.
Renæssancesten af gotlandsk kalksten over Mickil Sested til Gaffnø (Gavnø) og hustru Regisse Gyldenstierne. Hun døde 1576, og han 1583. Ægteparret er fremstillet knælende og med en "Ecce homo" ("se hvilket menneske" – Kristus med tornekrone og marterredskaber); begge dele er usædvanligt på en gravsten. Kristusfiguren bryder den skarpe adskillelse mellem tvillingebuen og feltet med de nærmeste aners våbenskjolde. De øvrige af de 2 x 8 skjolde er anbragt ud for de to ægtefæller. Under dem ses et tysk salmecitat, udført i fraktur (gotisk skrift). Stenen er et smukt arbejde fra Hans Malers efterfølgers værksted i Roskilde. Den lå tidligere midt for alteret og er nu rejst i nordre sidekor.
Gravsten med to kartoucher (rammeornamenter) i buskbarok(tidlig barok). Øverst ses der en vrængemaske, i midten et englehoved. I øverste felt er et relief med Jesus og De Skriftkloge samt skriftsteder, forneden en gravskrift over Karen Jørgensdatter, der døde 1652, forfattet af hendes mand: borgmester Peder Seiersøn. Stenen må være tegnet på billedskæreren Abel Schrøder den Yngre's værksted og er måske også tilhugget der. Den lå i koret og er nu rejst i søndre sideskib.